La Corporación Abraham Lincoln, de acuerdo con sus estatutos, artículos 60, 61 y 62, establece la figura de Auditoría Interna, cuya función principal es la verificación del cumplimiento de las leyes, de las decisiones de la Asamblea General de Miembros Contribuyentes y de la Junta Directiva, el cumplimiento de políticas y procedimientos, y otras como: 

• Planear, dirigir y organizar la verificación y evaluación del sistema de control interno.
• Verificar que los controles definidos en los procesos y actividades de la Corporación se cumplan.
• Verificar los procesos relacionados con el manejo de los recursos, bienes y los sistemas de información y recomendar los correctivos que sean necesarios.

Dicha Auditoría Interna es ejercida por un profesional en el tema, cargo que actualmente desempeña la Dra. Carolina Bareño, la cual reporta de manera directa a la Junta Directiva de la Corporación.

La ejecución de la labor parte de una planeación general, la cual se va ejecutando de acuerdo con el cronograma y teniendo en cuenta la aplicación de las normas de auditoría de general aceptación. La aplicación de esas normas contempla la realización de procedimientos de auditoría, acudiendo a la revisión del control interno, aplicando diversas técnicas, lo mismo que a la obtención de información de fuentes externas a la Organización.